Digitale Medizin

Digitale Gesundheit

Roland Eils

Roland Eils’ Abteilung am BIH besteht aus vier Arbeitsgruppen: Künstliche Intelligenz (Roland Eils), Computergestützte Onkologie (Naveed Ishaque), Health Data (Harald Wagener, Sven Twardziok, Dirk Meyer zum Büschenfelde) und Medical Omics (Sören Lukassen). Die Abteilung gehört dem BIH Zentrum für Digitale Gesundheit an; Roland Eils ist der Chair und Gründungsdirektor dieses Zentrums.

Kontaktinformationen
Anschrift:	Kapelle-Ufer 2 10117 Berlin
Telefon:	+49 30 450 543 084
E-Mail:	roland.eils@bih-charite.de

Roland Eils leitet auch den Hub for Innovations in Digital Health, HiDiH, einen Zusammenschluss seiner BIH Abteilung und der Health Data Science Unit der Medizinischen Fakultät der Universität Heidelberg. Des Weiteren ist Roland Eils ein aktives Mitglied der Medizininformatik Initiative, wo er das HiGHmed Konsortium gegründet hat und dieses koordiniert. HiGHmed vereint 10 Universitätsmedizin Zentren, die gemeinsam interoperable Lösungen und Infrastrukturen für das Prozessieren und Teilen von klinischen und translationalen Forschungsdaten entwickeln.

Künstliche Intelligenz - ailslab

Roland Eils hat ein kleines, aber höchst innovatives Team aus jungen Wissenschaftler*innen und Student*innen zusammengestellt, das sich mit den verschiedenen Aspekten der Digitalen Gesundheit befasst. Das ailslab konzentriert sich vor allem auf innovative Methoden aus dem Feld der künstlichen Intelligenz für wegweisende digitale Gesundheitsanwendungen. Im Mittelpunkt dieses Labors steht die integrierte Analyse riesiger, umfassender Datensätze, sowohl aus dem Gesundheitswesen als auch aus der Forschung, um die Bewältigung dringender Probleme im Bereich Gesundheit und Krankheit anzugehen. Ziel ist es, unser Verständnis von Krankheitsmechanismen zu vertiefen und gleichzeitig die Diagnose- und Therapiemöglichkeiten für Patienten mit kardiovaskulären Erkrankungen oder Krebsleiden zu verbessern. Derzeitige Projekte beschäftigen sich mit Risikomodellen kardiovaskulärer Erkrankungen, omni-genetischen Phenotypmodellen und der Ausarbeitung einer Modell-zu-Daten Infrastruktur, um medizinische Patientendaten auch für die Forschung nutzbar zu machen. Weitere Informationen zu aktuellen Projekten finden Sie unter diesem Link: https://www.hidih.org/research/ailslab.

- Trump, S.*, Lukassen, S.*, Anker, M.S.*, Chua, R.L.*, Liebig, J.*, Thurmann, L.*, Corman, V.M.*, Binder, M.*, Loske, J., Klasa, C., Krieger, T., Hennig, B.P., Messingschlager, M., Pott, F., Kazmierski, J., Twardziok, S., Albrecht, J.P., Eils, J., Hadzibegovic, S., Lena, A., Heidecker, B., Burgel, T., Steinfeldt, J., Goffinet, C., Kurth, F., Witzenrath, M., Volker, M.T., Muller, S.D., Liebert, U.G., Ishaque, N., Kaderali, L., Sander, L.E., Drosten, C., Laudi, S.^§, Eils, R.^§, Conrad, C.^§, Landmesser, U.^§, & Lehmann, I.^§ (2020). Hypertension delays viral clearance and exacerbates airway hyperinflammation in patients with COVID-19. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-00796-1
- Chua, R.L.*, Lukassen, S.*,Trump, S.*, Hennig, B.P.*, Wendisch, D.*, Pott, F., Debnath, O., Thürmann, L., Kurth, F., Völker, M.T., Kazmierski, J., Timmermann, B., Twardziok, S., Schneider, S., Machleidt, F., Müller-Redetzky, H., Maier, M., Krannich, A., Schmidt, S., Balzer, F., Liebig, J., Loske, J., Suttorp, N., Eils, J., Ishaque, N., Liebert, U.G., von Kalle, C., Hocke, A., Witzenrath, M., Goffinet, C., Drosten, C., Laudi, S.^§,Lehmann, I., Conrad, C.^§, Sander, L.-E.^§& Eils, R.^§ (2020). COVID-19 severity correlates with airway epithelium-immune cell interactions identified by single-cell analysis. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-0602-4
- Lukassen, S.*, Chua, R. L.*, Trefzer, T.*, Kahn, N.C.*, Schneider, M.A.*, Muley, T., Winter, H., Meister, M., Veith, C., Boots, A.W., Hennig, B.P., Kreuter, M.^§, Conrad, C.^§, & Eils, R.^§ (2020). SARS-CoV-2 receptor ACE2 and TMPRSS2 are primarily expressed in bronchial transient secretory cells. EMBO Journal, 39(10), doi: 10.15252/embj.20105114
- Upmeier zu Belzen, J., Bürgel, T., Holderbach, S., Bubeck, F., Adam, L., Gandor, C., Klein, M., Mathony, J., Pfuderer, P. L., Platz, L., Przybilla, M., Schwendemann, M., Heid, D., Hoffmann, M. D., Jendrusch, M., Schmelas, C., Waldhauer, M., Lehmann, I., Niopek, D.^§ & Eils, R.^§ (2019). Leveraging implicit knowledge in neural networks for functional dissection and engineering of proteins. Nature Machine Intelligence 1, 225-235. doi: 10.1038/s42256-019-0049-9
- Zapatka, M.*, Borozan, I.*, Brewer, D.S.*, Iskar, M.*, Grundhoff, A., Alawi, M., Desai, N., Cooper, C.S., Eils, R., Ferretti, V. & Lichter, P.^§ (2020). The landscape of viral association in human cancers. Nature Genetics, doi: 10.1101/465757
- Liu, L.*, Liu, C.*, Quintero, A.*, Wu, L*., Yuan, Y.*, Wang, M., Cheng, M., Leng, L., Xu, L., Dong, G., Li, R., Liu, Y., Wei, X., Xu, J., Chen, X., Lu, H., Chen, D., Wang, Q., Zhou, Q., Lin, X., Li, G., Liu, S., Wang, Q., Wang, H., Fink, J.L., Gao, Z., Liu, X., Hou, Y., Zhu, S., Yang, H., Ye, Y., Lin, G., Chen, F., Herrmann, C., Eils, R.^§, Shang, Z.^§ & Xu, X.^§ (2019). Deconvolution of single-cell multi-omics layers reveals regulatory heterogeneity. Nature Communications, 10(1), 470. doi: 10.1038/s41467-018-08205-7
- Northcott, P. A.*, Buchhalter, I.*, Morrissy, A. S.*, Hovestadt, V., Weischenfeldt, J., Ehrenberger, T., Gröbner, S., Segura-Wang, M., Zichner, T., Rudneva, V. A., Warnatz, H. J., Sidiropoulos, N., Phillips, A. H., Schumacher, S., Kleinheinz, K., Waszak, S. M., Erkek, S., Jones, D. T. W., Worst, B. C., Kool, M., Zapatka, M., Jäger, N., Chavez, L., Hutter, B., Bieg, M., Paramasivam, N., Heinold, M., Gu, Z., Ishaque, N., Jäger-Schmidt, C., Imbusch, C. D., Jugold, A., Hübschmann, D., Risch, T., Amstislavskiy, V., Gonzalez, F. G. R., Weber, U. D., Wolf, S., Robinson, G. W., Zhou, X., Wu, G., Finkelstein, D., Liu, Y., Cavalli, F. M. G., Luu, B., Ramaswamy, V., Wu, X., Koster, J., Ryzhova, M., Cho, Y. J., Pomeroy, S. L., Herold-Mende, C., Schuhmann, M., Ebinger, M.,   Liau, L. M., Mora, J., McLendon, R. E., Jabado, N., Kumabe, T., Chuah, E., Ma, Y., Moore, R. A., Mungall, A. J., Mungall, K. L., Thiessen, N., Tse, K., Wong, T., Jones, S. J. M., Witt, O., Milde, T., Von Deimling, A., Capper, D., Korshunov, A., Yaspo, M. L., Kriwacki, R., Gajjar, A., Zhang, J., Beroukhim, R., Fraenkel, E., Korbel, J. O., Brors, B., Schlesner, M., Eils, R.^§, Marra, M. A.^§, Pfister, S. M.^§, Taylor, M. D.^§ & Lichter, P.^§ (2017). The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes. Nature. 2017 Jul 19;547(7663):311-317. doi: 10.1038/nature22973
- Bauer, T.*, Trump, S.*, Ishaque, N.*, Thurmann, L.*, Gu, L.*, Bauer, M.*, Bieg, M., Gu, Z.G., Weichenhan, D., Mallm, J.P., Roder, S., Herberth, G., Takada, E., Mucke, O., Winter, M., Junge, K.M., Grutzmann, K., Rolle-Kampczyk, U., Wang, Q., Lawerenz, C., Borte, M., Polte, T., Schlesner, M., Schanne, M., Wiemann, S., Georg, C., Stunnenberg, H.G., Plass, C., Rippe, K., Mizuguchi, J., Herrmann, C.*, Eils, R.^§ & Lehmann, I.^§ (2016). Environment-induced epigenetic reprogramming in genomic regulatory elements in smoking mothers and their children. Molecular Systems Biology, 12(3). doi: 10.15252/msb.20156520
- Jäger, N., Schlesner, M., Jones, David T.W., Raffel, S., Mallm, J.-P., Junge, Kristin M., Weichenhan, D., Bauer, T., Ishaque, N., Kool, M., Northcott, Paul A., Korshunov, A., Drews, Ruben M., Koster, J., Versteeg, R., Richter, J., Hummel, M., Mack, Stephen C., Taylor, Michael D., Witt, H., Swartman, B., Schulte-Bockholt, D., Sultan, M., Yaspo, M.-L., Lehrach, H., Hutter, B., Brors, B., Wolf, S., Plass, C., Siebert, R., Trumpp, A., Rippe, K., Lehmann, I., Lichter, P., Pfister, Stefan M. & Eils, R.^§ (2013). Hypermutation of the Inactive X Chromosome Is a Frequent Event in Cancer. Cell, 155(3), 567-581. doi: 10.1016/j.cell.2013.09.042
- Kohler, S., Boscá, D., Kärcher, F., Haarbrandt, B., Prinz, M., Marschollek, M., & Eils, R. (2023). Eos and OMOCL: Towards a seamless integration of openEHR records into the OMOP Common Data Model. Journal of Biomedical Informatics, 144. doi:ARTN 10443710.1016/j.jbi.2023.104437
- Ten, F. W., Yuan, D., Jabareen, N., Phua, Y. J., Eils, R., Lukassen, S., & Conrad, C. (2023). resVAE ensemble: Unsupervised identification of gene sets in multi-modal single-cell sequencing data using deep ensembles. Front Cell Dev Biol, 11, 1091047. doi:10.3389/fcell.2023.1091047
- Buergel, T., Steinfeldt, J., Ruyoga, G., Pietzner, M., Bizzarri, D., Vojinovic, D., Upmeier Zu Belzen, J., Loock, L., Kittner, P., Christmann, L., Hollmann, N., Strangalies, H., Braunger, J. M., Wild, B., Chiesa, S. T., Spranger, J., Klostermann, F., van den Akker, E. B., Trompet, S., Mooijaart, S. P., Sattar, N., Jukema, J. W., Lavrijssen, B., Kavousi, M., Ghanbari, M., Ikram, M. A., Slagboom, E., Kivimaki, M., Langenberg, C., Deanfield, J., Eils, R., & Landmesser, U. (2022). Metabolomic profiles predict individual multidisease outcomes. Nat Med, 28(11), 2309-2320. doi:10.1038/s41591-022-01980-3
- Loske, J., Rohmel, J., Lukassen, S., Stricker, S., Magalhaes, V., Liebig, J., Chua, R., Thurmann, L., Messingschlager, M., Seegebarth, A., Timmermann, B., Klages, S., Ralser, M., Sawitzki, B., Sander, L., Corman, V., Conrad, C., Laudi, S., Binder, M., Trump, S., Eils, R., Mall, M. A., & Lehmann, I. (2022). Pre-activated antiviral innate immunity in the upper airways controls early SARS-CoV-2 infection in children. Nat Biotechnol, 40(3), 319-+. doi:10.1038/s41587-021-01037-9
- Pietzner, M., Chua, R. L., Wheeler, E., Jechow, K., Willett, J. D. S., Radbruch, H., Trump, S., Heidecker, B., Zeberg, H., Heppner, F. L., Eils, R., Mall, M. A., Richards, J. B., Sander, L. E., Lehmann, I., Lukassen, S., Wareham, N. J., Conrad, C., & Langenberg, C. (2022). ELF5 is a potential respiratory epithelial cell-specific risk gene for severe COVID-19. Nat Commun, 13(1), 4484. doi:10.1038/s41467-022-31999-6
- Prokosch, H. U., Bahls, T., Bialke, M., Eils, J., Fegeler, C., Gruendner, J., Haarbrandt, B., Hampf, C., Hoffmann, W., Hund, H., Kampf, M., Kapsner, L. A., Kasprzak, P., Kohlbacher, O., Krefting, D., Mang, J. M., Marschollek, M., Mate, S., Muller, A., Prasser, F., Sass, J., Semler, S., Stenzhorn, H., Thun, S., Zenker, S., & Eils, R. (2022). The COVID-19 Data Exchange Platform of the German University Medicine. Stud Health Technol Inform, 294, 674-678. doi:10.3233/SHTI220554
- Steinfeldt, J., Buergel, T., Loock, L., Kittner, P., Ruyoga, G., Zu Belzen, J. U., Sasse, S., Strangalies, H., Christmann, L., Hollmann, N., Wolf, B., Ference, B., Deanfield, J., Landmesser, U., & Eils, R. (2022). Neural network-based integration of polygenic and clinical information: development and validation of a prediction model for 10-year risk of major adverse cardiac events in the UK Biobank cohort. Lancet Digit Health, 4(2), e84-e94. doi:10.1016/S2589-7500(21)00249-1
- Landmesser, U., Lehmann, I., & Eils, R. (2021). Hyperinflammation as underlying mechanism predisposing patients with cardiovascular diseases for severe COVID-19. European Heart Journal, 42(18), 1720-1721. doi:10.1093/eurheartj/ehab191
*these authors contributed equally.   ^§corresponding author
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Computergestützte Onkologie

Naveed Ishaque baut derzeit seine eigene Arbeitsgruppe in der BIH Abteilung von Roland Eils auf, die sich speziell für die Entstehung der molekularbiologischen Heterogenität verschiedener Erkrankungen interessiert. Für die computergestützte Analyse der -omics Daten werden vor allem diverse Methoden der künstlichen Intelligenz und Data Science angewandt, um die grundlegenden Mechanismen der Heterogenität zu untersuchen. Ein weiterer Fokus liegt auf der Analyse der Interaktionen zwischen verschiedenen -omics Daten. Das Team zeichnet sich durch eine hohe Expertise im Bereich der Onkologie aus, weitet momentan aber das Interessenfeld auch auf immunologische Fragestellungen und neurodegenerativen Erkrankungen aus.

Ein umfassenderes und tieferes Verständnis von globalen und lokalen Mustern in biologischen Datensätzen ist essentiell, um reale biologische und molekulare Prozesse von technischem Rauschen zu unterscheiden. Demnach ist das Team stark an Kollaborationen mit Experten der Molekularbiologie und experimenteller Methodenentwicklung interessiert, die hochwertige large-scale und hochdimensionale Datensätze bereitstellen können und mittels neuester und innovativer Techniken erstellt wurden. Besonderes Interesse hat das Team an Datensätzen aus aktuellen technologischen Entwicklungen im weiten Feld der Einzelzellsequenzierung sowie räumlicher, zeitlicher und genetischer Heterogenität.

Detaillierte Informationen zu Projekten rund um multiomic Daten und personalisierte Onkologie, Immunologie und Allergien, oder räumlich-aufgelöste Transcriptomics finden Sie unter https://www.hidih.org/research/computational-oncology.

- Nina Hensel*, Zuguang Gu*, Sagar*, Dominik Wieland, Katharina Jechow, Janine Kemming, Sian Llewellyn-Lacey, Emma Gostick, Oezlem Sogukpinar, Florian Emmerich, David A. Price, Bertram Bengsch, Tobias Boettler, Christoph Neumann-Haefelin, Roland Eils, Christian Conrad, Ralf Bartenschlager, Dominic Grün, Naveed Ishaque^§, Robert Thimme^§ & Maike Hofmann^§ (2021). Memory-like HCV-specific CD8+ T cells retain a molecular scar after cure of chronic HCV infection. Nature Immunology https://doi.org/10.1038/s41590-020-00817-w
- Trump, S.*, Lukassen, S.*, Anker, M.S.*, Chua, R.L.*, Liebig, J.*, Thurmann, L.*, Corman, V.M.*, Binder, M.*, Loske, J., Klasa, C., Krieger, T., Hennig, B.P., Messingschlager, M., Pott, F., Kazmierski, J., Twardziok, S., Albrecht, J.P., Eils, J., Hadzibegovic, S., Lena, A., Heidecker, B., Burgel, T., Steinfeldt, J., Goffinet, C., Kurth, F., Witzenrath, M., Volker, M.T., Muller, S.D., Liebert, U.G., Ishaque, N., Kaderali, L., Sander, L.E., Drosten, C., Laudi, S.^§, Eils, R.^§, Conrad, C.^§, Landmesser, U.^§, & Lehmann, I.^§ (2020). Hypertension delays viral clearance and exacerbates airway hyperinflammation in patients with COVID-19. Nature Biotechnology doi: 10.1038/s41587-020-00796-1
- Ahmed Sadik*, Luis F Somarribas Patterson*, Selcen Öztürk*, Soumya R Mohapatra, Verena Panitz, Philipp F Secker, Pauline Pfänder, Stefanie Loth, Heba Salem, Mirja Tamara Prentzell, Bianca Berdel, Murat Iskar, Erik Faessler, Friederike Reuter, Isabelle Kirst, Verena Kalter, Kathrin I Foerster, Evelyn Jäger, Carina Ramallo Guevara, Mansour Sobeh, Thomas Hielscher, Gernot Poschet, Annekathrin Reinhardt, Jessica C Hassel, Marc Zapatka, Udo Hahn, Andreas von Deimling, Carsten Hopf, Rita Schlichting, Beate I Escher, Jürgen Burhenne, Walter E Haefeli, Naveed Ishaque, Alexander Böhme, Sascha Schäuble, Kathrin Thedieck, Saskia Trump^§, Martina Seiffert^§, Christiane A Opitz^§ (2020). IL4I1 Is a Metabolic Immune Checkpoint that Activates the AHR and Promotes Tumor Progression. Cell https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.038
- Park, J.*, Choi, W.*, Tiesmeyer, S., Long, B., Borm, L.E., Garren, E., Nguyen, T.N., Codeluppi, S., Schlesner, M., Tasic, B., Eils, R.^§ & Ishaque, N.^§ (2019). Segmentation-free inference of cell types from in situ transcriptomics data. bioRxiv, doi: 10.1101/800748
- Mallm, J.-P.*, Iskar, M.*, Ishaque, N.*, Klett, L.C., Kugler, S.J., Muino, J.M., Teif, V.B., Poos, A.M., Großmann, S., Erdel, F., Tavernari, D., Koser, S.D., Schumacher, S., Brors, B., König, R., Remondini, D., Vingron, M., Stilgenbauer, S., Lichter, P., Zapatka, M., Mertens, D.^§ & Rippe, K.^§ (2019). Linking aberrant chromatin features in chronic lymphocytic leukemia to transcription factor networks. Molecular Systems Biology, 22;15(5):e8339. doi: 10.15252/msb.20188339
- Ishaque, N.*, Abba, M.L.*, Hauser, C., Patil, N., Paramasivam, N., Huebschmann, D., Leupold, J.H., Balasubramanian, G.P., Kleinheinz, K., Toprak, U.H., Hutter, B., Benner, A., Shavinskaya, A., Zhou, C., Gu, Z., Kerssemakers, J., Marx, A., Moniuszko, M., Kozlowski, M., Reszec, J., Niklinski, J., Eils, J., Schlesner, M., Eils, R., Brors, B. & Allgayer, H.^§ (2018). Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer. Nature Communications, 9(1), 4782. doi: 10.1038/s41467-018-07041-z
- Zuguang Gu, Roland Eils, Matthias Schlesner & Naveed Ishaque (2018). EnrichedHeatmap: an R/Bioconductor package for comprehensive visualization of genomic signal associations. BMC Bioinformatics https://doi.org/10.1186/s12864-018-4625-x
- Tiesmeyer, S., Sahay, S., Muller-Botticher, N., Eils, R., Mackowiak, S. D., & Ishaque, N. (2022). SSAM-lite: A Light-Weight Web App for Rapid Analysis of Spatially Resolved Transcriptomics Data. Frontiers in Genetics, 13, 7. doi:10.3389/fgene.2022.785877
- Krieger, T. G., Le Blanc, S., Jabs, J., Ten, F. W., Ishaque, N., Jechow, K., Debnath, O., Leonhardt, C. S., Giri, A., Eils, R., Strobel, O., & Conrad, C. (2021). Single-cell analysis of patient-derived PDAC organoids reveals cell state heterogeneity and a conserved developmental hierarchy. Nat Commun, 12(1), 13. doi:10.1038/s41467-021-26059-4
- Park, J., Choi, W., Tiesmeyer, S., Long, B., Borm, L. E., Garren, E., Nguyen, T. N., Tasic, B., Codeluppi, S., Graf, T., Schlesner, M., Stegle, O., Eils, R., & Ishaque, N. (2021). Cell segmentation-free inference of cell types from in situ transcriptomics data. Nat Commun, 12(1), 13. doi:10.1038/s41467-021-23807-4

Health Data

Das Heath Data Team konzentriert sich vor allem auf Prozesse der Medizininformatik und Bioinformatik. Das Team arbeitet an der Automatisierung von Bioinformatik-Workflows für die biomedizinische Forschung und stellt Serviceprogramme für das Datenmanagement sowie die Infrastruktur für den schnellen und sicheren Transfer neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse in die Gesundheitsversorgung zur Verfügung. Speziell hier ist eine der größten Herausforderungen der Umgang mit dem kontinuierlich wachsenden Anteil sensitiver Patientendaten, beispielsweise durch smart wearables oder next-generation sequencing Genomdaten. Der Umgang und das Prozessieren solcher riesigen Datensätze in der alltäglichen Routinediagnostik benötigen neue Infrastruktur- und IT-Lösungen. Auch hier setzt das Health Data Team an und arbeitet an large-scale IT und Cloud-Lösungen, vor allem in der de.NBI cloud. Das Health Data Team ist sowohl in Berlin als auch Heidelberg lokalisiert. Weitere Informationen finden Sie unter https://www.hidih.org/research/health-data.

- ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium (2020). Pan-cancer Analysis of Whole Genomes, Nature, 578(7793), 82-93, doi: 10.1038/s41586-020-1969-6
- Yakneen, S.^§, Waszak, S.M., PCAWG Technical Working Group, Gertz, M., Korbel, J. O.^§, PCAWG Consortium (2020). Bulter enables rapid cloud-based analysis of thousands of human genomes. Nature Biotechnology, Epub ahead of print, doi: 10.1038/s41587-019-0360-3
- Ishaque, N.*, Abba, M.L.*, Hauser, C., Patil, N., Paramasivam, N., Huebschmann, D., Leupold, J.H., Balasubramanian, G.P., Kleinheinz, K., Toprak, U.H., Hutter, B., Benner, A., Shavinskaya, A., Zhou, C., Gu, Z., Kerssemakers, J., Marx, A., Moniuszko, M., Kozlowski, M., Reszec, J., Niklinski, J., Eils, J., Schlesner, M., Eils, R., Brors, B. & Allgayer, H.^§ (2018). Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer. Nature Communications, 9(1), 4782. doi: 10.1038/s41467-018-07041-z
- Gröbner, S.N.*, Worst, B.C.*, Weischenfeldt, J., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Rudneva, V.A., Johann, P.D., Balasubramanian, G.P., Segura-Wang, M., Brabetz, S., Bender, S., Hutter, B., Sturm, D., Pfaff, E., Hubschmann, D., Zipprich, G., Heinold, M., Eils, J., Lawerenz, C., Erkek, S., Lambo, S., Waszak, S., Blattmann, C., Borkhardt, A., Kuhlen, M., Eggert, A., Fulda, S., Gessler, M., Wegert, J., Kappler, R., Baumhoer, D., Burdach, S., Kirschner-Schwabe, R., Kontny, U., Kulozik, A.E., Lohmann, D., Hettmer, S., Eckert, C., Bielack, S., Nathrath, M., Niemeyer, C., Richter, G.H., Schulte, J., Siebert, R., Westermann, F., Molenaar, J.J., Vassal, G., Witt, H., Burkhardt, B., Kratz, C.P., Witt, O., van Tilburg, C.M., Kramm, C.M., Fleischhack, G., Dirksen, U., Rutkowski, S., Fruhwald, M., von Hoff, K., Wolf, S., Klingebiel, T., Koscielniak, E., Landgraf, P., Koster, J., Resnick, A.C., Zhang, J., Liu, Y., Zhou, X., Waanders, A.J., Zwijnenburg, D.A., Raman, P., Brors, B., Weber, U.D., Northcott, P.A., Pajtler, K.W., Kool, M., Piro, R.M., Korbel, J.O., Schlesner, M., Eils, R., Jones, D.T.W., Lichter, P., Chavez, L.^§, Zapatka, M.^§, Pfister, S.M.^§ (2018). The landscape of genomic alterations across childhood cancers. Nature, 559(7714), 321-327, doi: 10.1038/s41586-018-0167-2
- Reisinger, E.^§, Genthner, L., Kerssemakers, J., Kensche, P., Borufka, S., Jugold, A., Kling, A., Prinz, M., Scholz, I., Zipprich, G., Eils, R., Lawerenz, C., Eils, J. (2017). OTP: An automatized system for managing and processing NGS data. Journal of Biotechnology, 10(261), 53-62, doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.08.006
- Raab, R., Kuderle, A., Zakreuskaya, A., Stern, A. D., Klucken, J., Kaissis, G., Rueckert, D., Boll, S., Eils, R., Wagener H., & Eskofier, B. M. (2023). Federated electronic health records for the European Health Data Space. Lancet Digit Health, 5(11), e840-e847. doi:10.1016/S2589-7500(23)00156-5
*these authors contributed equally. ^§corresponding author

AG Eils - Mitarbeiter*innen
Gruppenleiterin Projektmanagement	Dr. Friedrich, Alexandra	alexandra.friedrich@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543106
Office Managerin	Hartung, Wiebke	wiebke.hartung@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450643088
Projektmanager	Dr. Canitz, Carsten	carsten-joerg.canitz@charite.de	Luisenstraße 65	030450581070
Projektmanagerin	Müller, Franziska	franziska.mueller@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543085
Projektmanagerin	Dr. Schubert, Vivien	vivien.schubert@charite.de	Luisenstraße 65	030450543144
Projektmanagerin	Dr. Schütz, Tatjana	tatjana.schuetz@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543151
Projektmanagerin	Seidemann, Britta	britta.seidemann@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543131
Projektmanagerin	Wächter, Sarah	sarah.waechter@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543139
Projektmanagerin	Dr. Zeilinger, Katrin	katrin.zeilinger@bih-charite.de	Luisenstraße 65

Artificial Intelligence
Gründungsdirektor Zentrum für Digitale Gesundheit	Prof. Dr. Eils, Roland	roland.eils@charite.de	Luisenstraße 65	030450543084
Mitarbeiterin	Bodur, Leylanur	leylanur.bodur@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Mitarbeiter	Upmeier zu Belzen, Julius Valten	julius.upmeier@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543119
Mitarbeiter	Wolf, Benedict	benedict.wolf@charite.de	Luisenstraße 65
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Hegselmann, Stefan	stefan.hegselmann@charite.de	Luisenstraße 65
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Prof. Dr. Müller-Riemenschneider, Falk	falk.mueller-riemenschneider@charite.de	Luisenstraße 65
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Wild, Benjamin	benjamin.wild@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Doktorand	Rheude, Tillmann	tillmann.rheude@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Studentische Mitarbeiterin	Abou Ghaloun, Sedra	sedra.abou-ghaloun@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiter	Arnoldt, Lucas	lucas.arnoldt@charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiter	Do, Minh Duc	minh-duc.do@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiter	Eckhoff, Leonard		Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiter	Herrmann, Luis Manuel	luis.herrmann@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiter	Kittner, Paul	paul.kittner@charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiterin	Köhler, Kristin	kristin.koehler@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Studentischer Mitarbeiterin	Nguyen, Khue Minh	khue.nguyen@bih-charite.de	Luisenstraße 65

Health Data
Gruppenleiter Health Data
Gruppenleiter Cloud & IT	Wagener, Harald	harald.wagener@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543087
Cloud-Entwickler	Braun, Martin	martin.braun@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543107
IT	Mathis, Jakob	jakob.mathis@bih-charite.de	Luisenstraße 65
IT	Schneider, Stefan	stefan.schneider@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543111
Gruppenleiter Data Management	Dr. Twardziok, Sven	sven.twardziok@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Daten-Manager	Dr. Jentsch, Marcel	marcel.jentsch@charite.de	Luisenstraße 65	030450543105
Bioinformatiker	Dr. Schneider-Lunitz, Valentin	valentin.schneider-lunitz@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543137
Softwareentwickler	Strubel, Philipp	philipp.strubel@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543095
Daten-Managerin	Taron, Ulrike	ulrike-helene.taron@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543135
Gruppenleiter Medizin Informatik (MI)	Dr. Meyer zum Büschenfelde, Dirk	dirk.meyer-zum-bueschenfelde@charite.de	Luisenstraße 65	030450543145
Systemadministrator Cloud	Ten, Foo Wei	foo-wei.ten@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Kohler, Severin	severin.kohler@charite.de	Luisenstraße 65	030450543103
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Meixner, Maximilian	maximilian.meixner@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Auszubildender Systemintegration	Boshof, Max Jonas	max-jonas.boshof@charite.de	Luisenstraße 65
Auszubildende Systemintegration	Runde, Alma Philine Karolin	alma.runde@charite.de	Luisenstraße 65

Computational Oncology
Gruppenleiter Computational Oncologie	Ishaque, Naveed, PhD	naveed.ishaque@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543096
Wissenschaftliche Mitarbeiterin	Denkena, Johanna	johanna.denkena@charite.de	Luisenstraße 65	030450543116
Postdoc	Mackowiak, Sebastian, Dr.	sebastian.Mackowiak@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543090
Doktorandin	Han, Runbing	runbing.han@bih-charite.de	Luisenstraße 65
Doktorand	Malt, Alexander	alexander.malt@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543125
Doktorand	Müller-Bötticher, Niklas	niklas.mueller-boetticher@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543136
Doktorand	Jiang, Yiheng		Luisenstraße 65
Doktorand	Sahay, Shashwat	shashwat.sahay@charite.de	Luisenstraße 65	030450543118
Doktorand	Tiesmeyer, Sebastian	sebastian.tiesmeyer@charite.de	Luisenstraße 65	030450543117
Studentischer Mitarbeiter	Orteba, Jakub		Luisenstraße 65

Medical Omics
Gruppenleiter Medical Omics	Dr. Lukassen, Sören	soeren.lukassen@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543102
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Jabareen, Nabil	nabil.jabareen@bih-charite.de	Luisenstraße 65	030450543134
Wissenschaftlicher Mitarbeiter	Yuan, Dongsheng	dongsheng.yuan@charite.de	Luisenstraße 65	030450543134
Doktorand	Liu, Ding Ming	dingming.liu@charite.de	Luisenstraße 65
Studentische Mitarbeiterin	Kühn, Chantal	marie-chantal.kuehn@charite.de	Luisenstraße 65

Digitale Gesundheit

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